Если что, то перед выходом юбилейной серии "День Доктора" была показана короткометражка "Ночь Доктора" с Восьмым Доктором

!!!!СПОЙЛЕР АЛЯРТ!!!!

Идет "Война Времени" и Доктор, убегая от неё, совершает аварийную посадку и получает смертельные травмы, но подобравшие его (знакомые) эмм... ведьмы или типа-того, используя "Науку Таймлордов" дают ему лишние минуты жизни на раздумья, а также предлагают более конкретную регенерацию.

Доктор колеблется, но соглашается. он выбирает "Война", ибо "В этой Войне Доктор бесполезен".
Выпивая содержимое чаши, он регенерирует в "Военного Доктора" (тот, что между Восьмым(классика) и Девятым(перезапуск)). на этом серия заканчивается.

Моё предположение - эта регенерация была вызвана не естественной способностью Таймлордов, а эликсиром Ведьм, так что он не потратил свою регенерацию.

А сам Моффат, насчет нумерации теперь, говорит следующее:
«Я был действительно очень осторожен с нумерацией Докторов. Доктор Джона Хёрта — очень особенный: он не берёт имя Доктора. Он не зовёт себя так. Он тот же повелитель времени, то же существо как и Доктора до него, но он единственный, кто говорит: „Я не Доктор“. Так что Одиннадцатый Доктор по-прежнему Одиннадцатый, Десятый — всё тот же Десятый… Технически, если вы действительно считали регенерации, Доктор Дэвида Теннанта — это два Доктора, принимая во внимание мета-кризисного Доктора (в „Конце Путешествия“). Но смысл заключается не в подсчёте регенераций, но в подсчёте лиц Повелителя Времени, который называл себя Доктором.