У ТАРДИС есть энергетический щит, который окружает её внешнюю оболочку. Собственно, он и позволяет поддерживать атмосферу, в том числе. В расширенном каноне (в какой - то из аудио пьес, не помню у точно какой) она в газовом гиганте плавала на пофиг. Так что вода это мелочи.
насколько помню, ТАРДИС генерирует свою атмосферу вокруг будки, но чтобы она была герметична и водонепроницаема...